Um eine repräsentative Probe zu erhalten, sollten mindestens 25 gut verteilte Einstiche pro beprobter Fläche erfolgen und diese in einem sauberen Kübel vermischt werden. Bei heterogenen Flächen oder Schlägen mit einer Größe über 5 ha ist es sinnvoll, zusätzliche Proben zu entnehmen, um repräsentative Ergebnisse zu erhalten. Die Unterteilung der Fläche kann mit Hilfe der digitalen Bodenkarte (eBod) oder Kenntnissen über die Fläche durch die Bewirtschaftung erfolgen. Weitere Möglichkeiten der Entnahme stellen die GPS-gestützte und die teilflächenspezifische Probennahme dar. Bei GPS-gestützter Beprobung wird der genaue Punkt der Entnahme aufgezeichnet und bietet so die Möglichkeit, die Beprobung nach mehreren Jahren wieder an der selben Stelle durchzuführen, wodurch die Vergleichbarkeit über die Jahre verbessert wird. Nach der Entnahme muss die Untersuchung der Proben in einem akkreditierten Labor erfolgen, damit sie den Vorgaben der ÖPUL-Maßnahmen entsprechen und angerechnet werden können.
Für Betriebe, die an der ÖPUL-Maßnahme "Vorbeugender Grundwasserschutz - Acker" teilnehmen, besteht eine Verpflichtung, pro angefangene 5 ha Ackerfläche eine Bodenprobe bis 31. Dezember 2026 zu ziehen und auf die Parameter pH-Wert, Humus, Stickstoff (mineralisch/nachlieferbar), Phosphor und Kalium untersuchen zu lassen. Für Betriebe, die an der Maßnahme "Humuserhalt und Bodenschutz auf umbruchsfähigem Grünland" teilnehmen, gilt die Verpflichtung, pro angefangene 5 ha förderfähige Grünlandfläche eine Bodenprobe bis 31. Dezember 2025 zu ziehen und auf die Parameter pH-Wert, Humus, Phosphor und Kalium untersuchen zu lassen.